게놈연구로 보는 21 세기(世紀) 생명과학-게놈에서 Interactome으로
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작성일 22-12-30 00:18
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선택한 clone을 tag sequence를 이용하여 상호작용정보를 얻는다.
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게놈연구와생명과학8
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게놈연구로 보는 21 세기(世紀) 생명과학-게놈에서 Interactome으로
단백질 간의 상호작용 해석은 크게 두 종류로 나눌 수 있다아
하나는 효모 two-hybrid 법(Y2H), phage display법, RNA-peptide법 등 핵산을 이용하여 그 결과를 얻는 방법이고 또 하나는 면역침강법 등으로 affinity capture 복합체의 구성 成分을 질량 analysis법으로 동정하는 방법이다.
후자는 실제의 proteome에 가까운 형태로 해석하는 것으로, top down 또는 proteome 적인 접근방법이라고 한다. 현재 실질적으로 조직적인 해석을 한 경우는 출아효모를 대상으로 two-hybrid 해석을 한 필자의 그룹과 CuraGen사가 있다5), 6). 이 연구의 흐름을 간단히 intro 하겠다(그림 3).
먼저 효모 6000 ORF(open reading frame)을 각각 Y2H의 bait와 prey로 cloning하여, 각각을 접합형이 다른 주에 도입하여 clone을 제작한다. 게놈연구와생명과학8 , 게놈연구로 보는 21세기 생명과학-게놈에서 Interactome으로공학기술레포트 , 게놈연구로 보는 21세기 생명과학-게놈에서 Interactome으로
게놈과학의 特性과 現況, 추후 발전 방향을 기술한 리포트입니다.
다. 다음에 각각을 pooling하여 pool 간에 접합을 실시하여 Y2H를 선택한다. 그러나 두 결과에서 공통된 부분은 190 정도에 불과하며, 이는 screening의 깊이, construct의 차이 등 여러 가지 요인을 들 수 있으며, 단독 Y2H 방법의 한계로 두 개의 데이터를 상보적으로 통합해서 생각해야 한다.
전자는 게놈이 코드할 수 있는 단백질을 모두 발현시켜 그 상호작용 가능성을 binary mode를 기본으로 해석하는 것으로 bottom up 또는 게놈적인 접근 방법이라고 한다.
이러한 해석 결과로 얻어진 방대한 상호작용 데이터에서 무엇을 얻을 수 있을까? 「X는 Y에그림 3. 전체적 효모 two-hybrid 해석의 예
Bait 및 prey로 게놈 중의 각 유전자를 발현하는 clone을 접합형이 다른 주를 이용하여 제작한다. 이러한 해석으로 저자는 4500 정도, CuraGen사는 700에 가까운 상호작용을 검출하였다. 이를 일정한 수…(省略)
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